Morte de D. Fernando: a rainha viúva Leonor Teles torna-se regente em nome de Beatriz e João de Castela.

O início do reinado de D. Fernando foi marcado pela política externa. Quando D. Pedro I de Castela (1350-1369) morreu sem deixar herdeiros masculinos, D. Fernando, bisneto de D. Sancho IV de Castela, por via feminina, declarou-se herdeiro ao trono. Os outros candidatos eram os reis de Aragão e Navarra e o duque de Lencastre casado com D. Constança, a filha mais velha de D. Pedro de Castela. Entretanto D. Henrique da Trastâmara, irmão bastardo de Pedro,  declarou-se rei. Depois de duas campanhas militares sem sucesso, as partes aceitaram a intervenção do Papa Gregório XI. Entre os pontos assentes no tratado de 1371, D. Fernando foi prometido a D. Leonor de Castela, mas antes que o casamento pudesse ser concretizado, o rei apaixonou-se por D. Leonor Teles de Menezes, mulher de um dos seus cortesãos. Após a rápida anulação do primeiro casamento de D. Leonor, D. Fernando casou com D. Leonor a 15 de maio de 1372 no Mosteiro de Leça do Balio. Este ato valeu-lhe uma forte contestação interna, mas não provocou reação em D. Henrique de Castela, que prontamente prometeu a filha a Carlos III de Navarra.

Após a paz com Castela, D. Fernando dedicou-se à administração do reino. Mandou reparar muitos castelos e construir outros e ordenou a construção de novas muralhas em redor de Lisboa e do Porto. Com vista ao desenvolvimento da agricultura promulgou a Lei das Sesmarias. Esta lei impedia o pousio nas terras suscetíveis de aproveitamento e procurava aumentar-se o número de braços dedicados à agricultura.

Durante o reinado de D. Fernando alargaram-se também as relações mercantis com o estrangeiro, relatando Fernão Lopes a presença, em Lisboa, de numerosos mercadores de diversas nacionalidades. O desenvolvimento da marinha foi, por tudo isto, muito apoiado, tendo o rei tomado várias medidas: autorização do corte de madeiras nas matas reais para a construção de navios a partir de certa tonelagem; isenção total de direitos sobre a importação de ferragens e apetrechos para navios; isenção total de direitos sobre a aquisição de navios já feitos; etc. Muito importante, sem qualquer dúvida, foi a criação da Companhia das Naus, na qual todos os navios tinham que ser registados, pagando uma percentagem dos lucros de cada viagem para a caixa comum. Serviam depois estes fundos para pagar os prejuízos dos navios que se afundassem ou sofressem avarias.

A partir do casamento, D. Leonor Teles tornou-se cada vez mais influente junto do rei, manobrando a sua intervenção política nas relações exteriores e, ao mesmo tempo, tornou-se cada vez mais impopular junto da população. D. Fernando mostrou, nesta altura, alguma incapacidade de manter uma governação forte e o ambiente político interno ressentiu-se, com intrigas constantes na corte. Em 1382, no fim da guerra com Castela, estipulou-se que a única filha legítima de D. Fernando, D. Beatriz de Portugal, casasse com o rei D. João I de Castela. Esta opção significava uma anexação de Portugal e não foi bem recebida pela classe média e parte da nobreza portuguesa.

Quando D. Fernando morreu em 1383, a linha dinástica da dinastia de Borgonha chegou ao fim. Aí D. Leonor Teles foi nomeada regente em nome da filha e de D. João I de Castela, mas a transição não foi pacífica. Respondendo aos apelos de grande parte dos Portugueses para manter o país independente, D. João, mestre de Aviz e irmão bastardo de D. Fernando, declarou-se rei de Portugal. O resultado foi a crise de 1383-1385, um período de interregno, onde o caos político e social dominou. D. João tornou-se no primeiro rei da Dinastia de Avis em 1385.

Os restos mortais de D. Fernando foram depositados no Convento de São Francisco, em Santarém, conforme desejo escrito em testamento pelo monarca. No século XIX, o túmulo foi alvo de sérios atos de vandalismo e degradação, primeiro como resultado das Invasões Francesas, quando se partiu uma parte significativa das paredes do sarcófago, depois aquando da desamortização das ordens religiosas em 1834, quando o convento foi deixado ao abandono. Certo é que os restos mortais do rei se perderam para sempre, não tendo chegado nenhum registo dessa profanação aos dias de hoje.

Joaquim Possidónio da Silva, Presidente e fundador da Associação dos Architectos Civis e Archeologos Portugueses, tomou a iniciativa de transportar o monumento funerário de D. Fernando para o Museu Arqueológico do Carmo (onde ainda hoje se encontra), em 1875, de modo a salvaguardar a sua integridade e dignidade de mais vandalismo.